Transcurrido el siglo XVI con las disputas entre los distintos señores nobles por aumentar sus posesiones o las disputas contra los vecinos portugueses, el siglo XVII vendrá marcado por los conflictos con Portugal en el marco de la Guerra de Restauración. Las fortificaciones de la mitad oeste de la provincia se convirtieron de nuevo en escenario de guerras y conflictos. Muchas de estas fortalezas cambiarán su estructura durante el transcurso de los acontecimientos sobre todo para adecuarlas a los nuevos instrumentos de guerra.

Sobre todo el espacio más próximo a la Frontera vivió el conflicto de lleno siendo las fortificaciones fronterizas las más afectadas. En mayo de 1642 el ejercito portugués comienza sus correrías por tierras de la provincia de Badajoz siendo sus primeros objetivos las fortificaciones de la Frontera. Los portugueses se asentaron en Olivenza para desde allí atacar al resto de plazas en la zona fronteriza; las tropas portuguesas al mando del general Francisco de Melo intentaron atacar en primer lugar el castillo y la villa de Alconchel pero ante la dificultad del hecho deciden hacerse primero con Cheles la cual cercan y atacan obligando a sus defensores a refugiarse en un fortín.

Después don Francisco de Melo ataca Almendral para hacerse con las tierras de Frontera y su ganado mediante correrías de hostigamiento para que los vecinos abandonaran los lugares de la Frontera.

Alconchel era en estos años el centro principal de defensa dado su poderoso castillo e incluso sus milicias se ocupaban de defender otros lugares en ayuda de los vecinos de otros pueblos como es el caso de la defensa de Cheles en 1642; aun así Cheles es ocupada por las tropas portuguesas ese mismo año a pesar de atrincherarse tanto los cheleros como los alconcheleros en la iglesia del pueblo, muy próxima al castillo de la villa lo que hizo que incluso los portugueses tuvieran clemencia

Tras este primer ataque, en 1643 las tropas portuguesas al mando de don Matías de Alburquerque realizan nuevas incursiones por Castilla atacando en primer lugar la zona fronteriza; en esta Frontera deciden atacar primero el lugar más fuerte y este no era otro que Alconchel donde sus vecinos se hicieron fuertes en el castillo. El castillo y la villa de Alconchel estaba defendido por dos compañías de infantería y 30 hombres a caballo pero a pesar de ello tuvieron que rendirse y el pueblo que era del Marqués de Castro Fuertes don Juan Meneses de Sotomayor, fue tomado por las tropas portuguesas. Después don Matías ataca de nuevo Cheles, Higuera de Vargas, Villanueva del Fresno y en 1644 don Juan de Ataide ataca Oliva de la Frontera con lo que en esa fecha la Frontera y sus fortificaciones estaba ya dominada por completo por las tropas portuguesas. Durante los años posteriores la actividad bélica en las tierras de Frontera continuó hasta el fin de la Guerra de Restauración extendiéndose de dichas tierras hacía el este con lo que todas las fortificaciones del Estado de Feria fueron también afectadas por el conflicto.
El castillo de Alconchel se convirtió en el centro neurálgico de las operaciones portuguesas para la salvaguardia de las tierras al sur y al este de la Frontera ya que en el norte de la misma tenían la plaza fuerte de Olivenza. Así lo atestigua el interés que pusieron los portugueses en dotarla de tropas sin otro fin que el de arrasar sus tierras y las tierras de los pueblos de los alrededores para no dejar establecerse a los enemigos castellanos y expulsarlos de sus lugares. Esta importancia estratégica lo demuestra una carta enviada por el gobernador portugués de la plaza de Alconchel al rey de Portugal en 1660 donde se contesta a la pregunta de su majestad ante la conveniencia o no de dejar el castillo de Alconchel:

“Conviene al servicio de S. M., en el tiempo presente, que este castillo se abandone por los muchos dispendios que S.M. hace con el, así de soldados como de mantenimiento, porque todos los años se pierde largamente una Compañía de 100 hombres, sin fruto alguno, y cuanto mayor es la guarnición más considerable es la perdida de gente, por las muchas incomodidades y rigores que en aquel Castillo se padecen. En cuanto a los que se oponen al abandono del castillo, se nos ocurre decir que el enemigo con eso si no prospera, pues no tiene lugar de cultivar sus campos, porque así lo demuestra en no volver a cultivar Villa Nueva del Fresno, ni Higuera de Vargas, ni Valverde, teniendo hoy Olivenza tan cercana y otros lugares arrasados, que el enemigo nunca cultivó, como bien se ve en la villa de Barcarrota, que en tiempos de paz era de 600 vecinos y hoy no tiene 300, como también Almendral, Torre, Santa Marta y Salva León, y otros lugares que están desiertos de gente, por la continuación de las guerras, pero parece que el enemigo no puede nunca tener una utilidad con arrasarnos este castillo, porque le sería de más utilidad poner moradores en la Plaza de Olivenza... este parecer está basado en la experiencia de lo mucho que ha costado conservar este castillo y con el gasto que hace S.M. en una año, se pueden conservar las Atalayas que están en los Puertos del Guadiana, que serán las que pueden impedir los ataques del enemigo... Manuel Lobato Pinto, O Teniente General Manoel de Magalhaes Galvao.

En 1661 se conquista definitivamente el castillo de Alconchel a los portugueses por las tropas castellanas gobernadas por don Juan de Austria dado su importancia para la posterior conquista de las tierras del Estado de Feria y la Frontera como queda puesto sobre escrito en la Relación verdadera de la toma y combate del castillo de Alconchel en 1661. Como consta en el documento parece ser que fueron necesarias unas tropas compuestas por Tercios de Infantería de aquellos parajes, un buen número de miembros de la Caballería del Ejército de Extremadura, cuatro Tercios de Infantería Española, un Tercio de Napolitanos, un tercio de Lombardos, un Regimiento de Alemanes junto con un gran número de pertrechos de Guerra entre los que destacaban dos medios cañones y dos cuartos. En el mismo documento se detallan las acciones bélicas para la conquista de la plaza y se dice:

“Es este castillo de suma importancia para cubrir el Estado de Feria, y con el se quitó una grande ladronera a los rebeldes, los cuales le tenían muy fuerte, que además de serlo por naturaleza, le avia añadido el arte su recinto, muralla terraplenada, y torre de omenage en medio”.

De este modo don Juan de Austria fue conquistando con sus tropas los lugares de la provincia de Badajoz hasta que en 1668 se dio por concluida la guerra con Portugal quedando atrás un gran número de fortalezas arrasadas y de gentes que tuvieron que abandonar sus lugares de asentamiento huyendo de la guerra. De todo fueron testigo las fortalezas de la provincia de Badajoz sobre todo las más próximas a la Frontera con Portugal como ya ha quedado visto en el ejemplo citado del castillo de Alconchel. De esta guerra lo cierto es que de alguna forma nos ha quedado un importante legado histórico de nuestras fortalezas por la presencia de una serie dibujos que se hicieron con motivo de la misma por parte de los gobernadores portugueses para conocer las defensas de los castellanos. Las fortalezas que sirvieron a los portugueses fueron ampliadas y adaptadas a la nueva artillería y el resto quedaron casi derruidas (al castillo de Alconchel se le añadió un muro exterior que constituyó una entrada en recodo adaptándose a los terraplenes del Cerro de Miraflores; el alcázar de Zafra sirvió al ejercito para el almacenamiento de pertrechos de guerra ...).

En este siglo XVIII la defensa de las fortalezas era uno de los problemas primordiales para uno u otro reino ya fuera el castellano o el portugués, sobre todo para un territorio de Frontera como el correspondiente a la mitad oeste de la provincia de Badajoz. De ahí que se aporten diversas soluciones que tienen que ver con la defensa de las fortalezas; éstas se preparan para el enfrentamiento contra un posible ejercito invasor, se disponen en la Frontera los dispositivos necesarios contra acciones de rapiña y hurto de los habitantes así como los dispositivos necesarios para evitar el contrabando y comercio ilegal de los propios moradores del territorio. Para ello se aprovechan las fortalezas, muchas de ellas con estructuras medievales y bien situadas en terrenos escarpados, como el caso que hemos visto de Alconchel o incluso otras se refuerzan por ser vulnerables como el caso de Alburquerque a la que se le suman cuarteles de infantería, caballerizas, hospital y almacenes.

Desde finales de esta guerra, el castillo de Alconchel se convierte en centro de seguridad de toda la campiña entre el Guadiana y Sierra Morena pues siguió manteniendo en pleno siglo XVIII un emplazamiento y una estructura muy estimada sobre todo en este siglo en que cobró importancia también el denominado Puerto de Alconchel. Era importante su situación para la defensa del entorno de Badajoz y por su cercanía a la plaza de Olivenza. Del mismo su situación en punto elevado fue primordial para que se siguiera conservando máxime cuando la fortaleza de Cheles ya había desaparecido por completo y la de Villanueva del Fresno estaba completamente en ruinas por el transcurso de estas guerras. Alconchel se mantuvo como punta de lanza para portugueses y sobre todo castellanos pues aseguraba también la defensa de los territorios de la Casa de Feria. Villalba de los Barros fue el centro de la defensa de la zona más al este lo que determinaba que con este castillo, el de Alconchel, Jerez de los Caballeros Alburquerque o Badajoz entre otros, la mitad oeste de la provincia de Badajoz estaba asegurada.

Por todo ello Alconchel va a contar con Compañías de Milicias Urbanas durante el siglo XVIII compuestas por soldados del pueblo desde 1750 lo que hacía que los jóvenes de Alconchel no tuvieran que incluirse en suerte para el reemplazo del ejercito. Es este posiblemente un ejemplo de fortaleza a la que se le dotó de todos los elementos necesarios para su salvaguardia como ocurriría suponemos con otras muchas a parte de las hasta ahora documentadas.